La Guía Nueva Cultura del Agua está estructurada en una Presentación y once áreas temáticas. La Presentación de la Guía incluye una introducción que explica el contexto y los objetivos de esta herramienta y un ensayo por Domingo Jiménez Beltrán, donde se señalan los principales retos futuros de la gestión del agua. A continuación nuestro visitante puede optar por profundizar en cualquiera de las áreas temáticas que componen la Guía:


Dentro de cada área temática, a su vez, existen distintos niveles de profundización. Así, la puerta de entrada al área incluye un breve resumen explicativo de la misma que sirve de introducción a los artículos principales. Cada artículo principal se presenta a su vez por medio de un extracto y frases destacadas. Los artículos pueden comprender texto e imágenes, gráficos, esquemas o tablas, que explican un concepto o realidad. Las ideas que se presentan en el artículo pueden ser completadas con extensiones adicionales ubicadas en el apartado desarrollo de temas, que suelen tener un formato análogo al artículo principal.

Asimismo, para aquellos interesados en profundizar más en una temática concreta, cada artículo aporta información complementaria en el apartado información adicional, con una relación de bibliografía relacionada con el tema, o links a otras páginas web de interés. Igualmente, se aporta de cada artículo, así como algunas propuestas para el debate que inviten a la reflexión sobre el mismo.

Cada artículo también incluye tags (palabras clave), que pueden ser coincidentes con las de otros artículos y que facilitarán las búsquedas al lector sobre un determinado aspecto. Para ello, también se facilita un glosario general de términos de especial interés que incluye un buscador, así como un conjunto de interrelaciones entre los distintos artículos, con independencia del área temática al que pertenezcan.